В Сколково прошел семинар, посвященный омиксным технологиям, которые революционизировали методологию экспериментальной биологии, анализа данных и процесс создания лекарств
Семинар, который организовали сотрудники биомедицинского кластера Фонда, собрал специалистов, активно вовлеченных в развитие и практическое использование омиксных технологий в России; многие из них участвовали в подготовке «SkАльманаха». Вышедшее минувшей осенью в партнерстве с компанией ЕМС издание стало одной из редких попыток в России (а, возможно, даже первой) в доступной широкой аудитории форме и с привлечением ведущих специалистов разъяснить, что скрывается за биологическим неологизмом «омикс», отчего понятий с суффиксом «-ом» становится все больше и почему об омкисных технологиях стоит знать в том числе небиологам. Как отметил в интервью sk.ru один из самых авторитетных российских биоинформатиков Михаил Гельфанд, «биология становится такой же насыщенной данными наукой, как астрофизика или физика высоких частиц».
Появившиеся в конце 1980-ых годов омиксные технологии продолжают определять ландшафт современной биологии и остаются основой биомедицины, рассказал в интервью Sk.ru Юрий Никольский, директор по науке биомедицинского кластера «Сколково». «Эти методы важны технологически, они революционизировали методологию экспериментальной биологии, анализа данных и процесс создания лекарств. Например, в науке более 70% заявок на исследовательские гранты в США и Европе используют, по крайней мере, одну омиксную технологию. В онкологической лечебной практике секвенирование и генотипирование на чипах широко используется для определения мутаций и патологического перепрофилирования экспрессии генов в раковых опухолях. Фармацевтические компании все чаще применяют такие технологии для целого спектра этапов разработки лекарства – от токсикогеномики и репозиционирования лекарств до мониторинга пациентов в клинических испытаниях (до десятка различных омиксных тестов для каждого пациента во второй фазе у ведущих компаний)», - констатировал г-н Никольский. По его данным, 2014 год отчетливо подтвердил тенденцию, связанную с тем, что крупные фармкомпании все чаще прибегают к процедуре секвенирования. «Это делается для того, чтобы определить варианты ДНК, которые связаны с определенным ответом на лекарство, хорошим или плохим, а также вероятность побочных явлений. Новые технологи способны кардинально изменить не только процесс разработки лекарств, но и модернизировать сферу здравоохранения», - полагает директор по науке биомедицинского кластера.
Отрывая семинар, Юрий Никольский сообщил: научное сообщество с интересом восприняло появление «SkАльманаха». «В силу формата этого издания мы были вынуждены ограничиться всего несколькими вопросами. В то же время очевидно, что каждый из экспертов, которые участвовали в подготовке альманаха, готов поделиться гораздо большим объемом информации. Поэтому в развитие темы мы решили провести такой семинар», - рассказал Юрий Никольский.
В мероприятии в Гиперкубе среди прочих приняли участие Михаил Гельфанд, замдиректора Института проблем передачи информации РАН, Дмитрий Алексеев, завлабораторией биоинформатики в Институте физико-химической медицины, а также Татьяна Татаринова, профессор Медицинской школы Кека при Университете Южной Калифорнии. В своих выступлениях на «омиксном» семинаре они развили темы, затронутые в альманахе.
Михаил Гельфанд, в частности, говорил о том, что биоинформатикам целесообразно присоединяться к эксперименту уже на начальном этапе. «Опыт показывает, что схема, при которой кто-то получил данные, а потом кто-то их обработал, не работает. В хорошем эксперименте уже на этапе сбора данных учитывают то, как они будут обрабатываться. В последние годы я не раз видел ситуации, когда масса усилий и средств была потрачена на сбор данных, а потом оказывалось, что большая часть аналитических инструментов не может быть к ним применена», - рассказал ученый. Эти наблюдения перекликаются с утверждением г-на Гельфанда из «SkАльманаха»: «Без биоинформатики исследования в области омиксных технологий невозможны в принципе. Одной из особенностей современной биологии является то, что исчезла грань между генерацией экспериментальных данных и их обработкой: в правильно организованных проектах постановка эксперимента с самого начала учитывает то, как будут анализироваться его результаты, и, соответственно, биоинформатики являются интегральной частью команды».
Говоря о российской научной специфике, Михаил Гельфанд констатировал: «Стоимость экспериментальной работы в России выше, чем стоимость аналогичной работы на Западе. В альманахе не раз употребляется словосочетание «честные конкурсы», поэтому понятно, что таковые у нас в дефиците, а роль административного ресурса в распределении денег на науку чрезвычайно велика. В геномике же она велика даже по сравнению со всей прочей биологией». В последнее время из-за скачков на валютном рынке стоимость реактивов и расходников (а они, по словам Михаил Гельфанда, все зарубежные) «выросла на десятки процентов».
Подводя в беседе с Sk.ru итоги семинара, Юрий Никольский констатировал: «Семинар задумывался нами как площадка, объединяющая специалистов, активно вовлеченных в развитие и практическое использование омиксных технологий. И с этой точки зрения семинар вполне удался. В Гиперкубе собрались представители как академической науки, так и практической геномики, выступившие с интересными докладами и с удовольствием общавшиеся друг с другом».
Юрий Никольский рассказал участникам семинара о деятельности биомедицинского кластера "Сколково".
Это мнение разделяет один из участников семинара – Александр Павлов, гендиректор петербургской компании Parseq Lab. Она специализируется на разработке комплексных решений для молекулярно-генетической диагностики, предназначенных для усовершенствования области персонализированной медицины. Разрабатываемые в компании продукты помогают транслировать данные, полученные путем таргетного и полногеномного секвенирования, в информацию, доступную для врачей и ученых-генетиков. «Семинар показал, что идет активный процесс «терраформинга» перспективной экосистемы, которая опирается на технологические достижения в науках о жизни и информационных системах. Пока сообщество насчитывает всего несколько десятков групп и компаний, которые видят в развитии омиксных технологий большой потенциал для здравоохранения, - сказал Павлов Sk.ru – Мне кажется, что в этой области пока не хватает серьезной мультидисциплинарной экспертизы и консолидирующих инициатив: больших проектов, профессиональных мероприятий, устойчивых связей между академической наукой и индустрией. Возможно, «Сколково» захочет стать такой осью, вокруг которой отдельные инициативы сформируют компетентное сообщество».
Биомедицинский кластер планирует развивать омиксную тему. По словам Юрия Никольского, не исключено, что в начале следующего года Фонд объявит конкурс для команд, специализирующихся на постгеномных технологиях.
Фоторепортаж с семинара «Омиксные технологии в России: наука и практика» - здесь